- L’organisation biologique et la théorie de l’information, 1972 (éd. Hermann, 1992).
- Entre le cristal et la fumée, essai sur l’organisation du vivant, 1979 (éd. Seuil, coll. Point Sciences, 1989).
- A tort et à raison, intercritique de la science et du mythe, 1986 (éd. Seuil, coll. Point Sciences, 1994).
- Question de vie, entre le savoir et l’opinion, 1994 (éd. Seuil, coll. Science Ouverte, 1994).
- Livres
- La raison malmenée, De l’origine des idées reçues en biologie moderne, 2002. (CNRS Editions, 2002)
- L’homme végétal, Pour une autonomie du vivant, 2003 (éd. Albin Michel, 2003).
- La raison malmenée, De l’origine des idées reçues en biologie moderne, 2002. (CNRS Editions, 2002)
- Articles de presse
- L’histoire : mal incurable de la science ?, article de la revue Cadmos n°1, printemps 2002.
- Pour une science de l’individu, article de la revue Cadmos n°2, automne 2002.
- Les “lois de la jungle” : métaphysique moderne du conflit, article de la revue Cadmos n°3, printemps 2003.
- Les trois naissances d’Adonis, article de la revue Cadmos n°6, automne 2004.
- La musique, contre-chant du discours, article de la revue Cadmos n°7, printemps 2005.
- Du sens de la variabilité, chapitre 1 du livre Génétiquement indéterminé, le vivant auto-organisé, éd. QUAE-INRA, 2007.
- L’évolution créatrice, 1926 (éd. PUF, 2006).
- La vie et l’habitude, 1877 (Trad. de Valery Larbaud, éd. Gallimard, NRF, 1922).
- Evolution old and new [L’évolution autrefois et aujourd’hui], 1879.
- Unconscious Memory [La mémoire inconsciente], 1880.
- Lucky or cunning ? [La chance ou l’adresse ?], 1887.
- Du déveoloppement à l’évolution au XIXe siècle, éd. PUF, 1962.
- La Connaissance de la vie, éd. Vrin, 1965.
- Le normal et le pathologique, éd. PUF, 1943-1966.
- Études d’histoire et de philosophie des sciences, éd. Vrin, 1968.
- Idéologie et rationnalité dans l’histoire des sciences de la vie, éd. Vrin, 1977.
- Vie, art. de l’Encyclopedia Universalis
- Les sociétés animales, éd. PUF, 1982.
- La biologie de l’esprit, éd. du Rocher, 1985.
- Le darwinisme ou la fin d’un mythe, éd. du Rocher, 1997.
- Lamarck, Genèse et enjeux du transformisme, éd. CNRS, 2001.
- [Lien] Œuvres et rayonnement de Jean-Baptiste Lamarck
- La genèse des espèces animales, éd. Alcan, 1911, 1921, 1932.
- L’adaptation, éd. Doin, 1925.
- La loi en biologie, éd. Alcan, 1934.
- L’espèce, éd. Doin, 1936.
- Invention et finalité en biologie, 1941 (éd. Flammarion, 1941).
- L’évolution biologique : les faits, les incertitudes, éd. Masson, 1951.
- On the origin of species by mean of natural selection, or the preservation of favoured races in the struggle for life, Première édition 1859.
- De l’origine des espèces, ou des lois du progrès chez les êtres organisés, traduit en français sur la troisième édition par Mlle Clémence-Auguste Royer, 1862.
- De l’origine des espèces, traduit en français sur l’édition anglaise définitive par Edmond Barbier, 1896.
- URBT, Le darwinisme, une idéologie scientifique, 2007. [en cours de rédaction]
- Évolution, une théorie en crise, 1985 (éd. Flammarion, coll. Champ n°228, 1992).
- L’évolution a-t’elle un sens ?, 19xx (éd. Fayard, 1997).
- D’Aristote à Darwin et retour, Essai sur quelques constantes de la biophilosophie, 1971 (éd. Vrin, 2006).
- Biologie générale, éd. Masson, 1966.
- Toi, ce petit Dieu !, éd. Albin Michel, 1971.
- L’évolution du vivant, Matériaux pour une nouvelle théorie transformiste, éd. Albin Michel, 1973.
- La défaite de l’amour, ou le triomphe de Freud, éd. Albin Michel, 1976.
- Biologie moléculaire, mutagenèse, évolution, éd. Masson, 1978.
- L’homme en accusation, de la biologie à la politique, éd. Albin Michel, 1980.
- Evolution, art. de l’Encyclopedia Universalis
- Stigmergie, art. de l’Encyclopedia Universalis
- La structure de la théorie de l’évolution, 2002 (éd. Gallimard, nrf essais, 2006).
- Le pouce du Panda, 1980 (éd. Grasset, 1982).
- Le siècle du gène, 2000 (éd. Gallimard, nrf, bibliothèque des sciences humaines, 2003).
- Expliquer la vie, Modèles, métaphores et machines en biologie du développement, 2002 (éd. Gallimard, nrf, bibliothèque des sciences humaines, 2004).
- Au nom de l’eugénisme, génétique et politique dans le monde anglo-saxon, 1985 (éd. PUF, 1995).
- Le cheval dans la locomotive, 1967 (éd. Calmann-Lévy, 1968).
- L’étreinte du crapaud, 1971 (éd. Calmann-Lévy, 1972).
- Les racines du hasard, 1972 (éd. Calmann-Lévy, 1973).
- L’entr’aide, un facteur de l’évolution, 1902 (éd. Alfred Costes, 1938).
- Philosophie zoologique, 2 vol., 1809.
- Histoire naturelle des animaux sans vertébres, vol. I, 1815.
- URBT, La biologie et le transformisme de Lamarck, 2007.
- URBT, Éléments biographiques de Jean-Baptiste Lamarck, 2007.
- Le rêve du génome humain, 1992.
- La triple hélice, les gènes, l’organisme, l’environnement, 1998 (éd. du Seuil, 2003).
Friedrich ENGELS (1820-1895)
- Extraits des “Lettres sur le Capital” à propos de "L’Origine des espèces".
- La critique du darwinisme social, éd. Felix Alcan, 1910.
- Histoire de la biologie, 1982. (éd. Fayard, 1989).
- Qu’est-ce que la biologie ?, 1997 (éd. Fayard, 1998).
- Le futur triomphe, mais nous n’avons plus d’avenir, octobre 2006.
- Réponse aux critiques, 2007. [en cours de rédaction]
- La philosophie zoologique avant Darwin, éd. Felix Alcan, 1884.
- Livres
- Éléments pour une théorie de la biologie, éd. Maloine, 1980.
- Rapports du biologique et du psychologique, éd. Cabay, 1983.
- La naissance de la science, Tome I. Mésopotamie, égypte, éd. Gallimard, coll. Folio/Essai n°154, 1991.
- La naissance de la science, Tome II. Grèce présocratique, éd. Gallimard, coll. Folio/Essai n°155, 1991.
- Petite phénoménologie de la connaissance, éd. Aubier, 1991.
- Histoire de la notion de vie, éd. Gallimard, coll. TEL, 1993.
- L’eugénisme, ou les généticiens saisis par la philanthropie, éd. Hatier, coll. Optiques, 1995.
- Histoire de la notion de gène, éd. Flammarion, coll. Champs, 1999.
- La société pure : de Darwin à Hitler, éd. Flammarion, 2000 (coll. Champ, 2001).
- Éléments pour une théorie de la biologie, éd. Maloine, 1980.
- Articles scientifiques
- L'âme et la forme, article des Actes du colloque "Logos et Théorie de catastrophes" de Cerisy-la-Salle, 1982 ; éd. Patino, Genève, 1989.
- Explication biochimique et explication biologique, 1983 (article dans L’Explication dans les sciences de la vie, CNRS éditions).
- Ptolémée, Copernic et la biologie théorique, article du Bulletin de la Société Francophone de Biologie Théorique n°5, juillet 1984.
- Biologie du fonctionnement et biologie de l'évolution, physico-chimie et Histoire, article du Bulletin de la Société Francophone de Biologie Théorique n°9 (juillet 1986).
- The strange object of biology, article de la revue Fundamenta Scientae, vol.8, n°1, 1987.
- L'explication historique en biologie, article des Actes du VIe séminaire de Biologie Théorique de Solignac, éd. CNRS, 1988.
- L'être vivant et son milieu extérieur, errance et lieu naturel, Actes du VIIIe séminaire de Biologie Théorique de Solignac, éd. CNRS, 1988.
- Physico-chimie, biologie, information et connaissance, Actes du IXe séminaire de Biologie Théorique de Solignac, éd. CNRS, 1989.
- Délimitation d'un système : le cas de l'être vivant, article des Actes du Congrès Européen de Systèmique de Lausane, éd. AFCET, Paris 1989.
- De la "natura medicatrix" à l’organisme en panne, article de la revue La Recherche n°281, supp. "La santé et ses métamorphoses", novembre 1995.
- Sur la notion de programme génétique, article de la revue Philosophia Scientae, vol.6, n°1, 2002.
- Hérédité et pathologie, article du livre La génétique, science humaine, Žd. Belin, 2004.
- L'âme et la forme, article des Actes du colloque "Logos et Théorie de catastrophes" de Cerisy-la-Salle, 1982 ; éd. Patino, Genève, 1989.
- Articles de presse
- Hérédité et évolution (l’inné et l’acquis en biologie), article de la revue Esprit juin 1996.
- Racisme et biologie, article du journal Le Monde du 4 octobre 1996.
- Des biologistes et des races, article de la revue La Recherche n° 295, février 1997.
- Dolly la clonesse, ou les dangers de l'insignifiance, article du journal Le Monde du 5 mars 1997.
- Darwinisme, altruisme et radotage, article du journal Le Monde du 3 juillet 1998.
- Petites devinettes pour Fukuyama, article du journal Le Monde du 22 juin 1999.
- La génétique est une science sans objet, article de la revue Esprit, mai 2001.
- Clonage : Frankenstein ou Pieds-Nickelés ?, article du journal Le Monde du 30 novembre 2001.
- Qui se souvient de M. J. ?, article du journal Le Monde du 28 décembre 2002.
- Mémoire pour rectifier les jugements du public sur la révolution biologique, article de la revue Esprit, aout-septembre 2003.
- Hérédité et évolution (l’inné et l’acquis en biologie), article de la revue Esprit juin 1996.
- Darwin, éd. Sociales Internationales, 1937.
- Autonomie et connaissance, essai sur le vivant, éd. du Seuil, 1989.
- Hervé Kempf, Entretien avec Francisco Varela, revue La Recherche, No 308 Avril 1998.
- Vie et probabibilité, éd. Albin Michel, 1942.
- L’acquisition de la science, éd. Albin Michel, 1946.
- L’autonomie du vivant, éd. Maloine, 1981.
- Le vivant créateur de son évolution, éd. Masson, 1962.
- Le développement du vivant par lui-même, éd. Masson, 1963.
- titre, éd. , 2000.